106年總統府辦理之司法改革國是會議，於三月的會議議程中，在第三分組第二次會議，主要討論環境犯罪案件的偵查與訴訟程序。法務部、環保署及警政署均建議加強各單位之溝通聯繫，建立單位間之通報人員，避免環境污染案件的行政管制作為與刑事責任脫節。
環保署建議，將刑法第190-1條之行為要件「致生公共危險」刪除及將「具體危險犯」修正為「抽象危險犯」，並建議明文規定公害糾紛侵權的民事舉證責任與肇事責任人有關，以保護被害人。另外，空污法及毒物法中納入不法利益追繳，並提高罰緩上限。
水污法於104年納入「吹哨者條款」後，環保署正觀察其執行成效，臺北地檢署檢察官林達，則建議應在所有環保法律中納入該條款。土壤及地下水受污染後因具有污染情形不易察覺之特性，往往在發現污染事實時已對環境造成難以回復的破壞，未來如納入吹哨者條款，預計可加強檢舉陳情之力度，貫徹環境保護作為。