環保署為成立土壤及地下水污染整治基金，可依土壤及地下水污染整治法第二十八條，向特定業者徵收土壤及地下水污染整治費，環保署為便利特定業者繳納土壤及地下水污染整治費（以下簡稱整治費），自4月1日起，業者可到全國連鎖便利商店繳費，或者可透過銀行自動櫃員機(ATM)、網路ATM、網路銀行及臨櫃匯款等進行繳費，大大提高業者繳費的便利性。
現行整治費繳費方式是由申報業者每季填寫申報明細並試算應繳金額，至銀行填寫匯款單匯入「土壤及地下水污染整治基金代收401專戶（下稱401專戶）」；自4月1日起，該署新增1個繳費帳戶「土壤及地下水污染整治基金代收406專戶（下稱406專戶）」，業者可每季線上試算並列印繳費單，然後到全國連鎖便利商店(7-ELEVEN、全家便利商店、萊爾富、OK超商)繳費，或者透過ATM、網路ATM、網路銀行及銀行臨櫃匯款等多元繳費方式匯入406專戶，藉此提高業者繳費的便利性。
嘉義縣環保局表示，自106年4月1日至106年9月30日整治費繳納採雙軌制，即整治費申報業者可透過原有繳費方式匯入401專戶，或利用新增的便利商店、ATM、網路ATM、網路銀行及銀行臨櫃匯款等多元繳費方式匯入406專戶。但從106年10月1日起，則統一匯入406專戶。有關繳費方式的詳細資訊同步公布於「土壤及地下水污染整治費網路申報及查詢系統」（網址：https://sgwb.epa.gov.tw/sgwfundo/），業者可善加利用。